「次世代基因定序」益處 一次可看很多的基因 缺點：定序錯誤率比初代定序要高

57歲的王先生，於2020年因手腳麻痛、走路不穩等「老毛病」所苦惱，到成大醫院神經科門診就診。由於他的爸爸、姊姊，都在差不多年紀產生相同症狀，幾年內持續惡化至走路就會喘，後續因心衰竭過世。醫師進行神經傳導檢查顯示有周邊神經病變。進一步檢視常見的周邊神經病變原因，包括糖尿病、維他命B12缺乏、自體免疫疾病等，檢驗起來都沒有。於是，醫師和討論王先生進行「全外顯子定序」次世代基因定序檢查。

成大醫院神經部暨基因醫學部醫師林伯昱說明，王先生的全外顯子定序檢驗結果出爐後，再經過初代定序驗證，發現帶有TTR c.194C>T (p.A65V)基因變異，這是「家族性澱粉樣多發性神經病變」的相關基因。由於這個變異點位是新的，沒有被發現過，無法完全確定是這個變異造成疾病，醫師再透過神經切片檢查，驗證王先生的神經確實有類澱粉沉積，才確認此基因變異造成了疾病。王先生接受家族性澱粉樣多發性神經病變的針對性治療，後續病情維持穩定。

傳統的初代基因定序，一次只能定出一個片段的DNA序列，相較之下，次世代基因定序是將DNA分子分割成很多片段，然後同時進行很多個片段的定序，產生大量的基因片段序列數據，再由電腦計算進行組合，產生完整的基因序列。次世代基因定序的好處，是一次可以看很多的基因，而缺點則是定序的錯誤率比初代定序要高，因此次世代定序的檢驗結果，需要用初代定序再次確認，才不會造成臨床誤判。

林伯昱表示，用全外顯子定序來檢查神經科的遺傳疾病，診斷率根據疾病種類不同，大多約3成到5成左右，仍有大半的病患無法得到答案。無法確定診斷的原因很多，包括：遺傳變異是DNA結構性變異，而不是全外顯子定序容易看到的序列變異；遺傳疾病是多個基因變異的累積，因此平常針對單一基因疾病的檢驗流程就找不到答案；或是遺傳變異在DNA的其他地方，不在外顯子的範圍，所以無法以全外顯子定序來偵測。而針對最後這個原因，即使進行全基因體定序，驗完所有DNA，診斷率大約只比全外顯子定序多10%左右。

林伯昱指出，每個人的DNA裡有300萬個基因變異，需要進一步驗證變異點位是否為導致疾病的真正原因，包括切片檢查、病患和家屬都做基因檢測等。他強調，目前次世代基因定序為自費檢驗，病患接受檢驗前，務必和醫療團隊詳細討論，對次世代基因定序充分理解和合理期待，才能促進醫病雙向合作，協助病患及早得到正確診斷。